尽管因防卫队长官·四之宫功的判断而免于被武器化，
日比野卡夫卡依旧处于被拘束的状态。
就在接到调动命令、第三部队的新人成员各自奔赴新任务之际，
出现在他面前的是带领第一部队、防卫队最强之男——鸣海弦。
为了让作为队员的卡夫卡变得不可或缺，
鸣海试图让他面对自身并接受自己。
卡夫卡于是决定直面“怪兽8号”那过于强大的力量。
但在此背后，“怪兽9号”的魔爪正悄然逼近——。
继承了意志之力，新的识别怪兽兵器（Numbers）适合者诞生，
防卫队史上最大危机即将来临——。